Sotto Santa di Maria alla Fontana, nell’omonima piazza al civico 7, sgorgava una fonte le cui acque confluivano in una vasca davanti al Santuario. Fin dal Medioevo, tra i campi oltre le mura della città fuori Porta Comasina, la gente andava a bere l’acqua benedetta, invocando il nome di Maria. Si pensava che avesse proprietà taumaturgiche, poteri miracolosi in grado di guarire il male. Lo stesso Carlo II d’Amboise, governatore di Milano, nel 1507 guarì da una brutta malattia agli occhi, dopo averla bevuta e volle erigere a testimonianza il tempio rinascimentale. La storia della nascita del Santuario è legata anche alla storia di tre bambini strappati alla morte, grazie alla fonte taumaturgica. Dalla pietra medievale restano undici rubinetti da cui sgorga acqua potabile. Ciò che rende questo posto magico, oltre alla leggenda dell’acqua miracolosa, è la decorazione interna con i suoi bellissimi affreschi della scuola del pittore Bernardino Luini. Merita menzione anche il chiostro su cui si affaccia la cappella dell’architetto Giovanni Antonio Amedeo.