Fino alla fine del Settecento, il Fopponino di Milano è stato il luogo di sepoltura deputato alle fosse comuni: in milanese il termine significa infatti piccola fossa. Ospitò un gran numero di malati di peste, tanto che accanto vi venne istituito anche un lazzaretto. Nel Seicento fu ampliato il nucleo primitivo della chiesa, poi dedicata a San Giovanni Battista e San Carlo Borromeo, come è segnalato dalle due statue che ornano il portale del sagrato che si affaccia su piazza Aquileia. Giovanni Battista sul pilastro di sinistra e Carlo Borromeo su quello di destra. Nel corso del Settecento il cimitero fu ampliato, occupando circa 12.000 metri di terreno e coprendo quelle che oggi sono via Paolo Giovio e via Andrea Verga. Verso la fine dell’Ottocento, venne riconosciuto ufficialmente come il Cimitero di Porta Magenta, uno dei cinque cittadini. Una lapide ancora presente ricorda alcuni personaggi illustri che vi furono sepolti: il filosofo Merchiorre Gioia, l’architetto Luigi Canonica e Margherita Berezzi, prima moglie di Giuseppe Verdi. Con l’apertura del Cimitero Monumentale e del cimitero di Musocco, il Fopponino chiuse definitivamente, la parrocchia smise di essere utilizzata e venne sostituita dalla chiesa di San Francesco d’Assisi al Fopponino. Quando venne chiuso il cimitero, e nella zona rimase solo la chiesa, infatti ci si rese conto che era troppo piccola per poter accogliere i fedeli. Dopo aver scartato il progetto di Giovanni Muzio, partì nel 1961 quello di Giò Ponti, residente nelle vicinanze della parrocchia. La nuova chiesa, adiacente alla vecchia, fu consacrata nel 1964. Supiazza Aquileia è possibile vedere anche ancora oggi la Cappellina dei Morti che contiene un piccolo ossario di morti di peste.